Tun Dr. Lim Keng Yaik telah dilahirkan di Tapah, Perak. Beliau mendapat pendidikan awal di St. Micheal Institution, Ipoh mulai tahun 1947 hingga 1957. Beliau kemudian melanjutkan pengajian ke Queens University, Belfast di Ireland dan bidang perubatan dan surgeri (MBB.Ch) dari tahun 1958 hingga 1964. Beliau juga telah memperolehi Ijazah Doktor Falsafah (PhD) daripada universiti yang sama pada tahun 1995.